جلوگیری از وقوع موج دوم کرونا با آنالیز توالی ژنوم ویروس - کتاب ارزان

به گزارش خبرنگاران به نقل از ایسنا، از زمانی که توالی کامل ژنوم کروناویروس جدید عامل بیماری کووید-19 در 11 ژانویه اشتراک گذاری آنلاین شد، دانشمندان از 32 هزار ژنوم ویروسی در سراسر دنیا استفاده کردند تا منشاء شیوع کووید-19 در کشور خود را شناسایی و انتقال آن را آنالیز نمایند.

در حال حاضر، کشورهایی که کروناویروس را با موفقیت سرکوب کردند، وارد مرحله دوم همه گیری یعنی ردیابی و کنترل بیماری شدند. نتایج تحقیقات نشان می دهد با استفاده از ردیابی بیماران شیوع این بیماری کاهش می یابد.

گیتیس دوداس، مشاور بیوانفورماتیک و مشاور مرکز دنیای تنوع زیستی گوتنبرگ در سوئد اظهار کرد: ژنومیک خیلی سریع به شما می گوید که با چه مواردی سروکار دارید و راهنمای شما خواهد بود.

به دلیل موفقیت بیشتر در کنترل شیوع بیماری جدید به وسیله آنالیز توالی ژنوم بعضی از محققان در کشورهای مختلف، تحقیقات خود را در این مورد متمرکز کردند؛ محققان نیوزیلند و یک ایالت در استرالیا هدف خود را آنالیز ترتیب توالی ژنوم کروناویروس در کشور و ایالت خود قراردادند.

با افزایش همه گیری در سرتاسر دنیا، به تدریج ویروس ها در مناطق مختلف شکل می گیرند. محققان می توانند با مقایسه توالی آنها به سرعت خطوط انتقال ممکن را ردیابی و یا دو دنباله ای که باهم مطابقت ندارند و یا پیوند آنها با یکدیگر آنالیز نمایند.

هرچند محققان در ایالات متحده، انگلستان و دیگر کشورها آنالیز توالی ژنوم ویروسی را در دستور کار خود قراردادند اما به دلیل آمار بالای ابتلا به کووید-19 از این روش برای یاری به شناسایی بیماران و ردیابی آنها استفاده می گردد. اما چنین مداخلات به نمونه گیری گسترده بستگی دارد و در مکان هایی که آزمایش تشخیصی محدود است، در اطلاعات ژنومی نیز شکاف هایی وجود خواهد داشت.

شناسایی سریع

محققان در استرالیا قبل از شناسایی اولین مورد تایید شده انتقال دهنده این بیماری از ووهان چین، در آزمایشگاه های ملبورن آماده تحقیق در خصوص ژنوم کروناویروس جدید شدند.

محقق این تحقیق، تورسن سیمن، زیست شناس آزمایشگاه بهداشت عمومی واحد میکروبیولوژیکی مستقر در انستیتوی پیتر دوهرتی ملبورن می گوید: ما توالی های ژنوم ویروسی زیادی شناسایی کردیم.

این گروه تقریبا 1700 مورد شناسایی نموده که بزرگترین ترتیب ژنومی دنیا در شیوع بیماری های عفونی را پوشش می دهد.

اطلاعات مربوط به توالی ویروسی یاری نموده که منبع واقعی قرار دریافت در معرض بیماری ویروسی کارکنان بهداشتی شناسایی گردد که کارکنان بهداشتی از حضور در محیط اجتماعی به آن مبتلا شدند و نه از بیماران در بیمارستان.

سیمن خاطر نشان کرد: بدون ژنومیک شما هرگز نمی توانید بگویید که منبع آلودگی چه بوده است.

این گروه در حال آماده سازی و استفاده از اطلاعات ژنوم برای شناسایی منابع احتمالی موارد جدید است.

وی در ادامه اضافه نمود: با یاری این اطلاعات مقامات بهداشت عمومی خیلی سریع تر از گذشته در خصوص سیاست های کنترل بیماری تصمیم گیری خواهند کرد.

بازگشایی مرزها

با شروع سفرهای منطقه ای، اطلاعات ژنومی از اهمیت ویژه ای برخوردار می شوند و با یاری آنها می توان دریافت که عفونت از خارج از ایالت انتقال یافته و یا عفونت داخلی است.

دانشمندان در نیوزیلند تا به امروز 25 درصد از موارد گزارش شده توسط 1154 کشور را گزارش کردند. جویپ دی لیگت، سرپرست زیست سنجی موسسه علوم و تحقیقات زیست محیطی نیوزیلند گفت:هدف آنان کشف بیش از 70 درصد موارد برای ارائه تصویری کامل از ژنوم ویروسی در این کشور است. محققان با هر توالی اضافه شده، به احتمال زیاد می توانند مکان موردنظر بعدی را معین نمایند.

وی اظهار کرد: اما در حال حاضر اطلاعات توالی در واکنش به شیوع بیماری مفید هستند. این گروه اطلاعات ژنومی را با ردیابی سنتی یافتند و روشی برای از بین بردن دو خوشه که تصور می کردند یکی هستند را ارائه کردند.

در انگلستان، با موارد بسیار بیشتر ائتلاف ژنومیک کووید-19 روبرو هستیم که شامل مراکز تحقیقاتی و آزمایشگاه های دانشگاهی است که در ماه مارس تشکیل شدند.

نیک لومان، زیست شناس دانشگاه بیرمنگام و یکی از اعضاء این ائتلاف تحقیقاتی می گوید: تا به امروز 20هزار ژنوم ویروسی معین شده که تقریبا 10درصد موارد تایید شده را در انگلستان نشان می دهد. گروه وی یکی از گروه هایی بود که در شیوع ابولا پیشگام ابزارهای سریع نظارت ژنومی شد که اکنون در همه گیری کووید-19 مورداستفاده قرار می گیرد.

لومان تاکید نمود: این گروه هدفی مانند نیوزیلند معین ننموده است و علت آن را تا حدودی تعداد زیاد ابتلا از تاریخ 27 ماه مه بیان نمود. اما این گروه کوشش می نماید تا نمونه ای از توالی ویروس در سراسر انگلستان ایجاد کند تا تحقیقات اپیدمیولوژیکی را پشتیبانی کند.

خطاهای تحقیق

دی لیگت گفت: استفاده از ژنومیک به عنوان بخشی از واکنش به شیوع بیماری محدودیت هایی دارد.

وی اضافه نمود: افرادی که عفونت بدون علامت را تجربه می نمایند بعید است که آزمایش شوند و این موارد خطر واقعی در خطاهاست.

لومان می گوید: نظارت ژنومی نیز به آزمایش های گسترده تشخیصی متکی است تا در وهله اول ترتیب توالی ها را به دست آورد. انگلستان با مواردی طاقت فرسا روبرو بوده و در انجام آزمایش های تشخیصی آهسته تر عمل نموده است.

او می گوید: همواره این احتمال وجود دارد که شما نمونه ای از نمونه ها را ندیده باشید.

لومان تاکید نمود: پایش ژنومی دنیای با شروع سفرهای بین المللی، اهمیت بیشتری خواهد یافت.

میرو شیل، اپیدمیولوژیک دانشگاه ملی استرالیا اظهار کرد: استفاده از تجزیه وتحلیل ژنومی برای یاری به ردیابی بیماران، تا حد زیادی برای کشورهای پردرآمد محدودشده است. او مایل است ژنومیک را به عنوان ابزاری برای پاسخ به شیوع در کشورهای با محدودیت منابع در منطقه آسیا و اقیانوس آرام در نظر بگیرد، همان طور که در جمهوری دموکراتیک کنگو، سیرالئون و گینه در زمان شیوع ابولا انجام شد.